Al vanaf het begin van zijn aanstelling in 1977 vervulde Jan de Vries verschillende coördinerende en bestuurlijke functies binnen de opleiding Kunstgeschiedenis en daarbuiten, waaronder als bestuurslid van de Vereniging Nederlandse Kunsthistorici. 

Binnen de Faculteit der Geesteswetenschappen vervulde hij de laatste 15 jaar een indrukwekkende reeks bestuurlijke functies; zo was hij onderwijsdirecteur van het onderwijsinstituut Kunst-, religie- en cultuurwetenschappen van 1999 tot 2007 en opleidingsdirecteur van de master Conservering en restauratie van cultureel erfgoed van 2006 tot 2010.
Sinds de oprichting in 2010 was De Vries voorzitter van de examencommissie van de Graduate School of Humanities (GSH). In deze hoedanigheid sprak hij in 2012 en 2013 met zeven visitatiecommissies, die de kwaliteit van de masteropleidingen beoordeelden. Hij maakte indruk met zijn grote deskundigheid en scherpe blik en de commissies constateerden dan ook dat het toetsbeleid en de kwaliteitszorg in goede handen waren. 

Daarnaast sloeg hij een brug naar het kunstenonderwijs in Amsterdam en daarbuiten. Zo is hij een van de oprichters van het honoursprogramma Art and Research, waarin de afdeling Kunst- en cultuurwetenschappen samenwerkt met de Gerrit Rietveld Academie.

Met de erepenning wil de faculteit waardering en dank uitdrukken voor de inspanningen van Jan de Vries.